Liiton hallitus hoitaa liiton hallintoa edustajakokouksen päätösten ja liiton sääntöjen mukaisesti.
Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, josta käytetään nimitystä Päällystöliiton puheenjohtaja, neljä varapuheenjohtajaa ja enintään yhdeksäntoista muuta jäsentä. Varapuheenjohtajat edustavat eri puolustushaaroja (maa-, meri- ja ilmavoimat) sekä Rajavartiolaitosta.
Hallituksen toimikausi on nelivuotinen. Sen tehtävänä on muun muassa:
- käydä tarvittavia neuvotteluja ja tehdä sopimuksia liiton tarkoitusperien toteuttamiseksi
- edustaa liittoa,
- hyväksyä liiton uudet jäsenyhdistyksen ja pitää niistä luetteloa,
- kutsua koolle edustajakokous sekä valmistaa niille esitettävät asiat,
- toteuttaa edustajakokouksen päätökset,
- valmistaa ehdotus liiton tulo- ja menoarvioksi,
- hoitaa liiton varoja ja muuta omaisuutta taloudellisesti sekä huolehtia, että tilinpäätös tehdään määräaikana,
- valmistaa toimintakertomus,
- vahvistaa alaistensa johtosäännöt,
- ottaa ja erottaa liiton toimihenkilöt, valvoa heidän toimintaansa sekä vahvistaa heidän työehtonsa sekä ryhtyä muihin toimenpiteisiin liiton tarkoituksen edistämiseksi.